SunnyViewから発行される請求書で、複数のAWSアカウントを一枚の請求書として提出していただきたいのですが、 その場合、各アカウントのAWS利用料金を確認することはできなくなりますか？

複数のAWSアカウントを一枚の請求書にまとめた場合でも、各AWSアカウントごとの利用料を請求書上で確認いただけます。
請求金額の明細に関してはSunnyViewの「ご利用状況」からご確認いただけます。