アイディーエスのOrganizations（組織）に移管する前に発生したAWSサービス料金の未払い分を、 移管後にアイディーエスのクレジットカードで支払い、その後の請求に含めていただくことは可能ですか？

はい、可能でございます。
未払い分につきましては、アイディーエスのOrganizations（組織）に移管後、アイディーエスのクレジットカードにて立替させていただきます。
その後、該当月のSunnyViewからの請求書にて、当該金額を追加してご請求させていただきます。